本题可从第二空入手，根据文段信息”但强调二者的对立”可知，"二者”
指代前文提到的”意识形态”和“科学真理”。横线前指出“学术思想为科学”，横线处搭配”意识形态”，应与“科学”形成对立关系， A项“迷信”与“科学”形成对立，保留。B项“虚无”，与“存在”对立； C项“无意义”，与“有意义”对立； D项“纯虚构”，与”事实”对立。三项均与文意不相符，排除。
第一空，代入验证。由后文的“简单化和幼稚病””也同样是简单化”可知，二者之间的关系是复杂和成熟的。A项“包罗万象”指内容丰富，应有尽有，用于此处形容”意识形态和科学真理”的关系复杂，符合语境，当选。
故正确答案为A。
