由甲公司自行承担责任
由乙公司自行承担责任
由甲乙公司承担连带责任
由乙公司和甲公司经营部部长承担连带责任
此题目属于第三人明知行为人没有代理权还与其进行民事法律行为因而给他人造成损失,应该由第三人和行为人承担连带责任。因此,正确答案为D选项。