本题考查相关概念的区分。
行政裁决是指行政主体依照法律授权，对平等主体之间发生的、与行政管理活动密切相关的、特定的民事纠纷 （争议）进行审查并作出裁决的具体行政行为，题目中环保部门裁决该企业赔偿农民损失，属于行政裁决中的损害赔偿裁决。故选项C正确。
行政法上的“行政命令”，是指行政主体依法要求行政相对人“为”或“不为”一定行为的意思表示，故排除选项A。
行政指导，是指行政主体在其职责、任务或其所管辖的事务范围内，在行政相对人的同意或协助下，适时灵活地采取非强制手段，以有效地实现一定的行政目的，不直接产生法律效果的行为，故排除选项B。
行政诉讼，是指公民、法人或者其他组织认为行使国家行政权的机关和组织及其工作人员所实施的具体行政行为，侵犯了其合法权利，依法向人民法院起诉，人民法院在当事人及其他诉讼参与人的参加下，依法对被诉具体行政行为进行审查并做出裁判，从而解决行政争议的制度，故排除选项D。
