中国法
被撞船舶目的地法
印尼法
双方协商同意的第三国法
《海商法》规定：“船舶碰撞的损害赔偿，适用侵权行为地法律。船舶在公海上发生碰撞的损害赔偿，适用受理案件的法院所在地法律。同一国籍的船舶，不论碰撞发生于何地，碰撞船舶之间的损害赔偿适用船旗国法律。”船舶悬挂某一国家的国旗即具有该国国籍，这个国家即该船的船旗国。
本题中，一艘悬挂印尼国旗的船舶在我国领海与另一艘悬挂印尼国旗的船舶发生了碰撞，在我国海事法院进行诉讼，根据《海商法》，适用船旗国（印尼）法律。
故正确答案为C。
