市长议会制的的缺点是由于市长大权在握，市议会的制约较弱，容易引起市长专权；如果市长不尊重议会,二者极易产生矛盾。故排除选项A。
议会市长制的缺点是市议会对市政府工作不适当的监督，有可能会降低市政管理的行政效率。故排除选项B。
市议会制的缺点是缺乏一个统一指挥市政府各部门工作的、有实权的市长，这不利于协调各部门的工作并领导执行系统高效率运转。故排除选项C。
市委员会制的缺点是缺乏一位行政首长统一指挥市政府各部门的工作；由于市委员兼任工作部门首长，有时较难处理二者的矛盾关系。故选项D正确。
