①为与能力薪酬体系配套，企业需要为员工提供充足的培训机会，这可能导致培训费用大量增加。
②能力薪酬体系的实施过程中通常需要周期性地更新能力评估体系，重新鉴定员工的能力，在能力淘汰呈现加速度趋势的今天，无疑会大大增加企业管理工作的成本和难度。
③员工的个人能力并不能得到准确的定义和衡量，造成能力与薪酬之间的脱节，影响员工的工作积极性。
④当员工到达了工资结构的顶端时，他们会感到受挫折并离开公司，因为再没有机会增长工资了，这将导致流失率提高。
⑤由于在控制和鉴定员工能力方面需要花费相当多的时间和人力，人力资源部门将变得臃肿和不灵活，而准确评价一种能力的价值可能是困难的，这也是人力资源管理需要面对的挑战。
