胃镜检查及活检是萎缩性胃炎的最可靠的诊断方法。胃镜诊断应包括病变部位、萎缩程度、肠化生及不典型增生的程度。肉眼直视观察萎缩性胃炎的粘膜多呈苍白或灰白,皱襞变细或平坦。粘膜可表现红白相间,严重者有散在白色斑块。粘膜下血管显露为萎缩性胃炎的特征。